Η λιτανεία του Πρωτοκύριακου καθιερώθηκε στις 29 Οκτωβρίου 1673 μ.Χ. να γίνεται κάθε πρώτη Κυριακή του Νοέμβρη για να θυμάται ο λαός πως το θανατικό αφάνιζε πόλη και χωριά της Κέρκυρας, για δεύτερη φορά μέσα στον ίδιο χρόνο, σκορπώντας τρόμο. Η θαυματουργική όμως επέμβαση του Αγίου Σπυρίδωνα θεράπευσε από την ασθένεια όλους τους προσβληθέντες.
Το 1673, σύμφωνα με τη παράδοση, ο προστάτης του νησιού Άγιος Σπυρίδων έσωσε την Κέρκυρα από την πανώλη που θέρισε εκατοντάδες οικογένειες. Στις 29 Οκτωβρίου του ίδιου χρόνου, οι Κερκυραίοι αποφάσισαν να τελούν λιτανεία του σκηνώματος του Αγίου κάθε χρόνο την πρώτη Κυριακή του Νοεμβρίου, εξ ου και η ονομασία του εθίμου «Πρωτοκύριακο».
Οι θρησκευτικές εκδηλώσεις ξεκινούσαν νωρίς το πρωί της Κυριακής με τη Θεία Αρχιερατική Λειτουργία στο ναό του Αγίου Σπυρίδωνα, ενώ αμέσως μετά γίνεται η περιφορά του ιερού σκηνώματος του Αγίου στα καντούνια της Κέρκυρας και στην κεντρική πλατεία Σπιανάδα, συνοδευόμενη από τον κλήρο, τις φιλαρμονικές του τόπου, αλλά και τους μαθητές των δημοτικών, των γυμνασίων και των λυκείων.
Μετά το Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, το «Πρωτοκύριακο» αφιερώθηκε και στην πρώτη αντιφασιστική εκδήλωση που έγινε στην Ελλάδα από μαθητές γυμνασίου της Κέρκυρας, στις 2 Νοεμβρίου 1941, ως μία πράξη αντίδρασης κατά των ιταλών κατακτητών και των αλλαγών που αυτοί επέβαλλαν τότε στα σχολεία και την παιδεία.